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实操指南 | 小提琴图怎么分析?

375 人阅读发布时间:2025-08-20 10:56

小提琴图是一种结合了箱线图和核密度图特点的可视化工具,既能展示数据的统计分布特征(如中位数、四分位数),又能通过 “violin 形状” 反映数据在不同值上的密度(即数据在某一区间的聚集程度)。

 

一、如何解读小提琴图的关键信息?

 

1. 看 “形状”:判断数据分布特征

①对称 vs 偏态

若小提琴左右基本对称(如类似 “倒过来的葫芦”),说明数据接近正态分布;若一侧明显更宽(如左侧宽、右侧窄),则为偏态分布(左偏 / 右偏)。

②峰值数量

若小提琴有多个 “凸起”(即多个宽度峰值),说明数据可能存在多峰分布

 

2. 看 “内部统计线”:定位集中趋势和离散程度

①中位数位置

中间横线的高低反映数据的中心位置,不同组的中位数横线位置差异越大,说明组间中心趋势差异越明显。

②四分位数范围

若内部箱体(或上下短线)跨度大,说明数据的中间 50% 数值分布较分散;跨度小则说明中间数据集中。

异常值

若存在大量异常值(远离主体的点),可能提示数据中有极端情况(如测量误差、特殊个体)。

3. 看 “宽度变化”:识别数据聚集区间

小提琴的宽度变化直观展示了数据在不同值上的密集程度:某一区间宽度最大表示该区间是数据的 “众数区间”(数据最集中)。从宽到窄的变化表示数据从密集区向分散区过渡。

 

4. 组间对比:横向比较不同小提琴

当横轴为分组变量时(如 A、B),可通过以下维度对比组间差异:

①位置

哪组的中位数横线更高 / 更低?

②形状

哪组的分布更对称 / 偏斜?是否存在多峰?

③宽度范围

哪组的数据分布更分散(小提琴整体更“胖”)或更集中(更“瘦”)?

二、实操示例

 

和元生信云平台的小工具【小提琴图】,直观反映数据的集中趋势、离散程度、异常值等。

2.1数据准备

上传“数据矩阵”,如下。数据应当为3列, 第一列的内容为数值,代表Y轴数据;第二列中的分组变量将作为X轴中的分组;第三列中的分组变量将在X轴分组基础上按照颜色再做区分。

 

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2.2调整“绘图参数”

①特殊参数

添加图形:在小提琴中间额外添加的绘图种类;

统计检验方法:选择使用的统计检验方法;

显著性位置:选择显著性标记的纵向位置,越小则越靠上;

②通用参数

标题:自定义绘图标题,支持中英文;

输出格式:选择输出文件的格式,其中pdf、svg、eps为矢量图格式,jpeg、png、tiff为位图格式,pptx可用于自主修改绘图中的文字、颜色等元素,plotly为html动态网页格式;

宽度、高度:定义绘图的长宽,若输出图形元素过于密集,则可适当调整该参数;

主题:可选择ggplot主题包ggthemes中提供的主题,美化绘图;

图例位置:自定义图例在绘图中的位置

图例方向:自定义图例中多个元素的排列方向

颜色画板:可选择ggsci包中提供的配色画板,适应不同的杂志要求。若需自定义配色,则可选择自定义。

自定义颜色画板:(高级选项)支持自定义颜色画板,请首先在颜色画板选项中选择自定义,并从下拉菜单中选择需要的颜色,若没有需要的颜色,也可以自己输入多个以#开头的16进制颜色码。

 

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提交数据:等待运行结果,分析结果将会在左侧呈现。

 

2.3下载

下载所需数据,完成作图啦

 

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数据挖掘,从未如此简单!

和元多组学服务

和元生物提供多组学服务(如全外显子测序、转录组、Astral蛋白组、非靶向代谢组、非靶向脂质组、靶向代谢组、16s/ITS/18s扩增子测序、宏基因组、Cut&Tag、MeRIP (m6A)-seq、全基因组甲基化测序、简化甲基化测序等)和单细胞及空间转录组服务(如10x单细胞转录组、10x单细胞转录组及TCR/BCR、墨卓单细胞转录组、10x CytAssist空间转录组、10x HD空间转录组等),致力于为广大生命科学家、医学工作者提供基于多组学技术的科研及临床应用解决方案。

 

 

 

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 和元生物成立于2013年,作为深耕细胞和基因治疗核心领域的高新技术企业,专注于为细胞和基因治疗的基础研究提供基因治疗载体研制、基因功能研究、药物靶点及药效研究等CRO服务,可提供①组学服务:常规转录组、单细胞转录组、基因组、代谢组及蛋白组等。②载体构建和病毒包装:质粒、siRNA、腺相关病毒(AAV)、腺病毒(ADV)、慢病毒(LVV)、逆转录病毒(RV)、单纯疱疹病毒(HSV)等病毒载体生产服务,提供R&D、实验室级别、GMP级别满足研发、小动物、大动物NHP到临床的不同研究阶段的使用需求。③细胞实验服务:过表达、干扰稳定株构建,单克隆细胞株构建服务及细胞功能学、药效学实验服务。④动物实验及机制研究:神经、代谢、肿瘤动物模型、药效药代、病理切片及蛋白、核酸检测服务。⑤特色项目服务:CRISPR文库筛选服务,外泌体整体研究服务,AAV衣壳筛选服务、听力研究整体项目服务,满足客户定制化或一站式项目服务,助力基础科学研究,促进基础研究到临床转化应用,推动细胞和基因治疗行业发展。

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