单细胞免疫组库（TCR/BCR-seq）及研究思路

①克隆多样性分析

通过监测治疗前后T细胞受体（TCR）或B细胞受体（BCR）的克隆多样性，评估药物是否激活了有效的抗肿瘤免疫反应。若治疗后克隆多样性增加，表明药物可能诱导了更多肿瘤特异性T细胞或B细胞的扩增，提示治疗有效。

②克隆扩增追踪

识别治疗前后扩增的特定克隆，这些克隆可能对应具有抗肿瘤活性的细胞，有助于预测药物疗效和耐药机制。

③免疫平衡评估

分析免疫组库的多样性变化，判断药物是否恢复了免疫系统的平衡。例如，药物治疗后免疫组库多样性趋于正常，可能表明药物有效调节了异常的免疫反应。

④克隆型差异

比较不同个体的免疫组库，识别对药物/疫苗反应良好的个体特征克隆，为个性化诊疗/疫苗设计提供依据。

文章标题：Multimodal Profiling of Peripheral Blood Identifies Proliferating Circulating Effector CD4+ T Cells as Predictors for Response to Integrin α4β7–Blocking Therapy in Inflammatory Bowel Disease

发表期刊：Gastroenterology（IF 26.3）

发表时间：2025年

技术手段：单细胞转录组、TCR测序、CyTOF、流式细胞术、血清蛋白组（Olink）等。

前瞻性地收集了两组接受抗整合素α4β7抗体维得利珠单抗治疗的炎症性肠病患者样本。采用CyTOF、单细胞RNA测序、单细胞B细胞和T细胞受体测序(BCR/TCR-seq)、血清蛋白质组学等进行分析，全面评估维得利珠单抗诱导的外周血免疫学变化及其与治疗反应的潜在关联。维得利珠单抗治疗导致循环免疫细胞谱系丰度显著改变，并改变了肠道归巢CD4+记忆T细胞的T细胞受体多样性。通过整合多模态参数和机器学习发现，治疗前对维得利珠单抗无应答患者的增殖CD4 +记忆T细胞显著增加。存在活化的Th1/Th17表型，且整合素α4β1水平升高，这可能使这些细胞不易受维得利珠单抗的直接靶向作用。

文章标题：Immunosequencing identifies signatures of T cell responses for early detection of nasopharyngeal carcinoma

发表期刊：Cancer Cell（IF 48.8）

发表时间：2025年

技术手段：TCR测序、转录组、单细胞转录组、生存分析、流式细胞术等

为了鉴定鼻咽癌 (NPC) 相关的 T 细胞受体 (TCR)，对 228名NPC患者、251名低风险对照和241名EBV血清阳性高风险对照进行了测序。基于 208 个 NPC 富集的 CDR3β 序列开发了一种基于 TCR 的标记（T 值），该标记可在原始队列和独立验证队列中准确诊断 NPC。值得注意的是，较高的 T 值与较短的 NPC 诊断时间间隔相关，可在临床诊断之前有效地在 EBV 血清阳性的高危人群中识别出早期 NPC。NPC 富集的 TCR 不仅能与 EBV 特异性抗原发生反应，还能与 NPC 细胞表达的非 EBV 抗原发生反应，表明其具有广泛的特异性。此外，血液中富含 NPC 的 CD8 ⁺ T 细胞的丰度与肿瘤中未耗尽的 T 细胞对应物的浸润相关，并可延长生存期，表明这些富含 NPC 的 T 细胞在疾病监测和治疗应用方面具有巨大潜力。

文章标题：Single-cell RNA sequencing dissects the immunosuppressive signatures in Helicobacter pylori-infected human gastric ecosystem

发表期刊：Nature communications（IF 12.5）

发表时间：2025年

技术手段：单细胞转录组、单细胞TCR测序、流式细胞术、多重免疫荧光染色等。

该研究整合单细胞 RNA 测序和 TCR 分析，分析了来自 11 名幽门螺杆菌(H. pylori) 阴性和 12 名阳性个体的 187,192 个细胞，描述H. pylori感染重编程的胃生态系统，其表现为抗原呈递和吞噬功能受损。进一步描述了由H. pylori感染驱动的单核细胞向 C1QC +巨噬细胞的分化轨迹，而 T 细胞反应表现出广泛的功能障碍和低反应性，克隆扩增能力受限。还鉴定出H. pylori 感染胃中存在表达 HLA-DRs 和 CTLA4 的 T 细胞群，这可能有助于免疫逃避。总之，该研究为幽门螺杆菌感染所形成的免疫抑制微环境提供了单细胞分辨率信息，为开发消除流行病原体的新治疗方法提供了关键见解。

文章标题：Single-cell map of diverse immune phenotypes in the metastatic brain tumor microenvironment of nonsmall-cell lung cancer

发表期刊：International Journal of Surgery（IF 12.5）

发表时间：2025年

技术手段：单细胞转录组、TCR测序、CyTOF、流式细胞术、血清蛋白组（Olink）等。

通过大规模scRNA测序构建了LUAD和TNBC脑转移瘤（BM）的肿瘤微环境图谱。发现，与原发性肿瘤（PDL1、CD80和LILRB2/5）相比，脑转移瘤相关巨噬细胞表达独特的免疫抑制配体（CD276和VTCN1）。尽管LUAD和TNBC脑转移瘤中缺乏T细胞和B细胞，但仍鉴定出丰富的TCR和BCR库。免疫抑制性巨噬细胞的扩增和T细胞活化的缺乏可能解释了BM的免疫逃逸。全面了解脑转移瘤中IME的组成和演变将指导设计新的治疗策略。

文章标题：Single-cell analyses implicate ascites in remodeling the ecosystems of primary and metastatic tumors in ovarian cancer

发表期刊：Nature Cancer（IF 28.5）

发表时间：2023年

技术手段：单细胞转录组、单细胞TCR测序、流式细胞术、bulk转录组等。

通过scRNA-seq和scTCR-seq描绘了卵巢癌患者的5个肿瘤相关微环境的细胞景观，包括上皮性卵巢癌患者的原发灶、网膜转移灶、腹水、外周血以及盆腔淋巴结。比较了五个肿瘤相关部位的独特细胞组成，基于T细胞受体(TCR)的谱系追踪和轨迹推断，揭示了T细胞从腹水到肿瘤组织的潜在动态特征。揭示了腹水可以重塑卵巢癌原发性和转移性肿瘤的生态系统，研究还发现了恶性腹水中的MAIT和树突状细胞以及原发肿瘤中的两个内皮细胞亚群作为铂类化疗反应的预测生物标志物。

文章标题：Single‐cell dissection of cervical cancer reveals key subsets of the tumor immune microenvironment

发表期刊：EMBO Journal（IF 8.3）

发表时间：2023年

技术手段：单细胞转录组、单细胞TCR测序、多色免疫荧光（mIHC）等。

免疫检查点抑制剂已在宫颈癌的晚期治疗中取得显著疗效，但部分患者仍存在治疗抵抗。肿瘤微环境（TME）直接决定了患者的预后和治疗效率，因此探究宫颈癌的TME有助于寻找与肿瘤免疫反应有关的关键亚群，为优化治疗方案提供线索。利用单细胞转录组及免疫组库测序及mIHC刻画了宫颈癌的免疫微环境特征，鉴定出与宫颈癌免疫耐受和抗肿瘤免疫反应相关的关键亚群，通过绘制宫颈癌单细胞免疫图谱，发现克隆扩增的T细胞是抗肿瘤反应的关键细胞亚群，提出BCL6+NEIL1+生发中心B细胞和三级淋巴结构可以作为预测宫颈癌患者临床预后和免疫治疗响应的潜在生物标志。该研究揭示了TME中与肿瘤免疫或预后相关的细胞亚群，为宫颈癌免疫治疗研究提供了数据支持。