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临床样本的深度挖掘您了解多少？
人阅读 发布时间：2020-09-11 10:08
和元上海一直致力为神经科学研究、肿瘤研究、代谢研究等领域提供科研服务整体解决方案，包括组学分析、质粒构建、病毒包装、稳定株构建、细胞功能学实验、动物疾病模型构建、外泌体研究等整体服务。
肿瘤整体课题（严谨真实、结果可靠）
1. 高通量基因筛选：用高通量测序、基因芯片和 CRISPR/Cas9 文库进行关键基因筛选。
• 真核转录组测序、外显子组测序、基因表达谱芯片、miRNA 测序/芯片
• m6A 甲基化测序、lncRNA 测序/芯片、单细胞转录组测序、iTRAQ 蛋白质组定量
Nat Commun. 2016 Apr 6;7:11215.
2. 基因调控：用病毒或质粒载体介导基因过表达、敲除或干扰，可以实现对基因表达的上调或下调。
• 过表达质粒、干扰质粒、CRISPR/Cas9 质粒
• 腺相关病毒（AAV）、慢病毒（LV）、腺病毒（ADV）、逆转录病毒（RV）
3. 细胞水平验证：在细胞水平验证基因的功能，包括细胞增殖、细胞迁移与侵袭、细胞凋亡、细胞周期等。
J Hepatol. 2018 Jun;68(6):1214-1227.
4. 动物体内实验：通过构建动物模型检测基因水平变化后引起的指标变化，包括皮下成瘤、原位成瘤、肿瘤大小、肿瘤转移等。
J Hepatol. 2018 Jun;68(6):1214-1227.
5. 作用机制研究：进一步挖掘出与关键基因相关的信号通路或其它基因，包括双萤光素酶检测、RNA pull-down、BioID、CO-IP 等。
J Hepatol. 2018 Jun;68(6):1214-1227.
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神经整体课题（团队专业、服务完善）
1. 疾病模型构建：专业提供慢性痛、脑卒中、抑郁、神经退行性疾病、癫痫等神经系统动物疾病模型的构建。
Cichon J et al.,Bio Protoc.2018；Proc Natl Acad Sci U S A. 2017 Jul 11;114(28):E5673-E5682.
2. 环路示踪：借助病毒载体的示踪技术，可实现对全脑、核团、环路、细胞、单细胞及亚细胞器的标记，从复杂的神经环路到高分辨率的单神经元形态，建立完善的示踪体系。
Cell Stem Cell. 2020 Mar 5;26(3):331-345.e6.
3. 元件操控：通过病毒载体和脑定位注射技术可完成基因过表达、基因沉默、光遗传学、化学遗传学的精准特异性操控。
Science. 2018 Oct 26;362(6413):429-434.
4. 表型筛选及变化：从分子到细胞再到行为的一站式服务，包括 WB、qPCR、电生理、病理、免疫组化、行为学实验。
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m6A 甲基化课题（思路设计、服务完善）
1. 预实验：找到与 RNA 甲基化相关的酶是否有差异表达或检测整体 m6A 水平，用 qPCR、WB、组织芯片、质谱检测等，再进行甲基化酶敲低、敲除和过表达细胞实验和动物实验。
Song H et al. Autophagy. 2019；Chen M. et al. (2018) Hepatology, 67(6): 2254
2. 通过 m6A-seq 测序，可以知道哪些基因在 RNA 甲基化修饰上有差异, 再结合转录组测序，发现差异基因的表达水平变化。
Chen M. et al. (2018) Hepatology, 67(6): 2254
3. 获得 RNA 甲基化修饰的目的基因后，再对 m6A 甲基化进行修复，观察位点修复正常后对细胞表型和小鼠肿瘤及肿瘤大小的影响。
Huang H et al. Nat Cell Biol. 2018
4. 进一步挖掘甲基化酶通过哪些通路对目的基因进行调控或蛋白互作技术挖掘蛋白，包括蛋白与 DNA 或 RNA 互作、蛋白与蛋白互作、靶基因验证等。
Chen M. et al. (2018) Hepatology, 67(6): 2254
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外泌体研究课题（经验丰富、质量可靠）
1. 外泌体分离：差速超速离心法可以获得高质量、高纯度的外泌体，因此被认为是分离方法中的「金标准」，也是高分文章中常用的分离方法。
2. 外泌体鉴定：常用的鉴定方法包括透射电镜（TEM）、纳米粒径跟踪分析（NTA）、Western Blot（WB）标志物检测等。
ACS Nano. 2019 Feb 26;13(2):2450-2462.
3. 高通量分析：外泌体内含有与细胞来源相关的核酸和蛋白质，可以传递 mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA、蛋白质等进入受体细胞，参与细胞间通讯。
Cell Commun Signal. 2019 Aug 16;17(1):96.
4. 外泌体示踪：常用亲脂性染料对外泌体进行标记，主要包括两类，一是 PKH67（绿色）和 PKH26（红色），二是 DiO（绿色）、DiI（橙色）和 DiR（深红）。
Oncol Rep. 2012 Nov;28(5):1551-8；BMC Cancer. 2019 Oct 29;19(1):1015.
5. 体内外功能研究：将标记的外泌体与受体细胞共培养，观察细胞功能变化，再将外泌体注射入动物模型中，观察肿瘤大小、转移，并检测相关指标。
Nat Commun. 2018 Jan 15;9(1):191.
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和元生物技术 (上海) 股份有限公司
OBiO Technology (Shanghai) Corp.,Ltd.
总部地址：上海市浦东新区国际医学园区紫萍路 908 弄 19 号楼
联系人：姜女士
邮箱：jxl@obiosh.com
电话：021-58585887/13501676670
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神经整体课题（团队专业、服务完善）
1. 疾病模型构建：专业提供慢性痛、脑卒中、抑郁、神经退行性疾病、癫痫等神经系统动物疾病模型的构建。
Cichon J et al.,Bio Protoc.2018；Proc Natl Acad Sci U S A. 2017 Jul 11;114(28):E5673-E5682.
2. 环路示踪：借助病毒载体的示踪技术，可实现对全脑、核团、环路、细胞、单细胞及亚细胞器的标记，从复杂的神经环路到高分辨率的单神经元形态，建立完善的示踪体系。
Cell Stem Cell. 2020 Mar 5;26(3):331-345.e6.
3. 元件操控：通过病毒载体和脑定位注射技术可完成基因过表达、基因沉默、光遗传学、化学遗传学的精准特异性操控。
Science. 2018 Oct 26;362(6413):429-434.
4. 表型筛选及变化：从分子到细胞再到行为的一站式服务，包括 WB、qPCR、电生理、病理、免疫组化、行为学实验。
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m6A 甲基化课题（思路设计、服务完善）
1. 预实验：找到与 RNA 甲基化相关的酶是否有差异表达或检测整体 m6A 水平，用 qPCR、WB、组织芯片、质谱检测等，再进行甲基化酶敲低、敲除和过表达细胞实验和动物实验。
Song H et al. Autophagy. 2019；Chen M. et al. (2018) Hepatology, 67(6): 2254
2. 通过 m6A-seq 测序，可以知道哪些基因在 RNA 甲基化修饰上有差异, 再结合转录组测序，发现差异基因的表达水平变化。
Chen M. et al. (2018) Hepatology, 67(6): 2254
3. 获得 RNA 甲基化修饰的目的基因后，再对 m6A 甲基化进行修复，观察位点修复正常后对细胞表型和小鼠肿瘤及肿瘤大小的影响。
Huang H et al. Nat Cell Biol. 2018
4. 进一步挖掘甲基化酶通过哪些通路对目的基因进行调控或蛋白互作技术挖掘蛋白，包括蛋白与 DNA 或 RNA 互作、蛋白与蛋白互作、靶基因验证等。
Chen M. et al. (2018) Hepatology, 67(6): 2254
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外泌体研究课题（经验丰富、质量可靠）
1. 外泌体分离：差速超速离心法可以获得高质量、高纯度的外泌体，因此被认为是分离方法中的「金标准」，也是高分文章中常用的分离方法。
2. 外泌体鉴定：常用的鉴定方法包括透射电镜（TEM）、纳米粒径跟踪分析（NTA）、Western Blot（WB）标志物检测等。
ACS Nano. 2019 Feb 26;13(2):2450-2462.
3. 高通量分析：外泌体内含有与细胞来源相关的核酸和蛋白质，可以传递 mRNA、miRNA、lncRNA、circRNA、蛋白质等进入受体细胞，参与细胞间通讯。
Cell Commun Signal. 2019 Aug 16;17(1):96.
4. 外泌体示踪：常用亲脂性染料对外泌体进行标记，主要包括两类，一是 PKH67（绿色）和 PKH26（红色），二是 DiO（绿色）、DiI（橙色）和 DiR（深红）。
Oncol Rep. 2012 Nov;28(5):1551-8；BMC Cancer. 2019 Oct 29;19(1):1015.
5. 体内外功能研究：将标记的外泌体与受体细胞共培养，观察细胞功能变化，再将外泌体注射入动物模型中，观察肿瘤大小、转移，并检测相关指标。
Nat Commun. 2018 Jan 15;9(1):191.
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