实操指南 | 基因聚类趋势图，解析时序调控机理

识别差异表达模式

分析基因表达量随时间（如发育阶段、疾病进程）、处理条件（如药物剂量、环境胁迫）或样本分组（如健康vs疾病）的变化趋势（如上升、下降、波动）。如追踪癌症患者治疗前后基因表达的动态变化。

功能模块挖掘

聚类共表达基因簇（cluster），推断其协同参与的生物学通路或功能模块（如免疫响应、代谢重编程）。

驱动基因筛选

通过趋势一致性分析（如STEM、基因聚类趋势图），筛选与表型显著相关的关键调控基因。

生物标志物发现

识别与疾病分期、治疗响应相关的趋势性表达基因，辅助诊断或预后预测。

①特殊参数

绘制中心线：是否绘制每个基因簇的变化趋势中心线；

聚类数量：定义基因聚类数量，即将所有基因分为几簇；

缺失值阈值：缺失值的百分比超过该设定值的基因将被删除，若没有缺失值则不需要修改此项；

最小标准差：在计算前对基因进行过滤，单个基因的最小标准差小于该设定值的基因将被删除，若想保留全部基因，请将该值设为0。

②通用参数

输出格式：选择输出文件的格式，其中pdf、svg、eps为矢量图格式，jpeg、png、tiff为位图格式，pptx可用于自主修改绘图中的文字、颜色等元素；

宽度、高度：定义绘图的长宽，若输出图形元素过于密集，则可适当调整该参数；

X轴标签：自定义图像X轴的标签文字；

Y轴标签：自定义图像Y轴的标签文字；

渐变颜色：可选择预先定义的渐变颜色画板，也可选择自定义，并在自定义颜色画板中自行输入颜色码。

自定义颜色画板：（高级选项）支持自定义颜色画板，请在颜色画板选项中选择custom，并输入多个以＃开头的16进制颜色码（不能少于图片中元素数量），以空格分隔。如：#00FF00 #0000FF #000000。